KASNIJI RAZVOJ
RATNO RAZDOBLJE
U srpnju 1991., Hrvatska je objavila nezavisnost od Jugoslavije. Prijetnja domovinskog rata uzrokovala je da Crkveni vođe od 1. srpnja 1991. povuku sve misionare koji su služili u bivšoj Jugoslaviji. Samo je jedan stariji bračni par ostao u Zagrebu. Za vrijeme rata nastavili su svoj rad, krsteći nekoliko novih članova svakog mjeseca.
Godine 1992., Ćosić je proglašen zamjenikom ambasadora za Sjedinjene države pri čemu je koristio svoj utjecaj kako bi pomogao svojim sunarodnjacima u vrijeme teškoća. U veljači, misionari su se ponovno vratili u Hrvatsku. Prvi put su dodijeljene sestre misionarke. Iako je rat bio još daleko od svoga završetka, borba se vodila najviše na granicama Hrvatske te misionari nisu bili u opasnosti. Tokom ljeta, misionari su se vratili u Karlovac i započeli svoj rad u Varaždinu.
Unatoč domovinskom ratu, Slovenija, Hrvatska i Srbija imale su 222 krštenja tokom 1991. godine. Godine 1992. iste zemlje imale su 106 krštenja.
Do 1992. godine, domovinski rat se proširio u susjednu Bosnu i Hercegovinu. Crkva je pružila humanitarnu pomoć tokom teških vremena na prostoru bivše Jugoslavije. Zalihe su bile poslane u dječju bolnicu u Sarajevu. Kasnije, predsjednik okruga, Ivan Valek, je uspješno prenio lijekove iz Hrvatske u Bosnu. U isto vrijeme, europski odjeli su poslali zalihe za pomoć izbjeglicama u Hrvatsku i Srbiju. Jedna sestra iz Makedonije je služila u Jugoslavenskoj vojsci koja je okupirala istočnu Hrvatsku. Ivan Valek, predsjednik okruga, prelazio je granicu jedanput mjesečno kako bi ju posjetio u vojnoj nastambi.
Tijekom aktivnosti za istraživače u Karlovcu dana 14. srpnja 1993., čuo se gromovit zvuk. Kad se sve utišalo, starješina Halgren je odveo misionare u Zagreb. Karlovački misionari su bili raspoređeni u druge gradove slijedeći dan.
Između 1993. i 1998., Crkva je dala tisuće tona hrane, odjeće, posteljine i medicinskih pomagala Hrvatskoj. Od 1995. godine Crkva je sudjelovala u projektu pomaganja hrvatskim poljoprivrednicima.
U svibnju 1995., nakon dvogodišnje borbe sa rakom preminuo je Krešimir Ćosić u svojoj 45. godini. Njegova domovina mu je odala počast za sportska dostignuća, dok ga je Crkva prepoznala kao pionira u evanđelju za doba komunizma.
1997. godine, Ivan Valek je razriješen nakon 10 godina služenja kao predsjednik okruga. Gotovo odmah, pozvan je za predsjednika Zagrebačkog ogranka.